李斯特菌暴發(fā)致3人死亡并且迫使美國得克薩斯州藍鈴冰淇淋公司在上個月底召回其全部產品，這是遺傳流行病學如何正在改變食源性疾病檢測的最新例子。

兩年前，位于亞特蘭大的美國疾病控制和預防中心（cdc）啟動一項試點計劃，測序與某種疾病相關聯(lián)的每個李斯特菌樣品的dna?？偣菜阆聛?，每年大約要測序800個。

cdc醫(yī)學流行病學家brendanjackson介紹說，新的檢測方式能發(fā)現(xiàn)食品安全體系中存在的空白，同美國食品藥品監(jiān)督管理局（fda）采取的類似方法一起使用時尤為如此。fda會對來自食物以及從工廠到物流中心的食物準備場所的樣品進行測序。

在藍鈴事件中，一名思維敏捷的護士最先將堪薩斯州的5個病例同被污染的冰淇淋聯(lián)系起來。在一年多的時間里，威奇托市傳染病預防和控制協(xié)調員k?覿renbally及其團隊一直在尋找同這種在2014年1月以單一病癥開始的傳染病有關聯(lián)的任何東西。傳統(tǒng)的流行病學工具沒有任何發(fā)現(xiàn)，從飲食記錄上也未看出什么。同時，利用dna分析標準技術進行的分析顯示，來自最初4個病人的李斯特菌樣品看起來毫不相關。

當?shù)?位患者在2015年年初病倒時，標準dna分析最終顯示其同之前的一個病例存在關聯(lián)。堪薩斯州將樣品送到cdc確認。全基因組測序顯示，兩個李斯特菌樣品幾乎完全匹配。不過，他們仍無法找到源頭。

bally和她的團隊搜索了fda的召回令以及報道受污染食品的社群，但一無所獲。隨后，她聽說藍鈴冰淇淋公司的一家銷售商存在質量問題。bally不知道的是，fda的抽樣已在藍鈴一家位于南卡羅來納州的配送中心發(fā)現(xiàn)了李斯特菌，而且檢測員已將其追溯到位于得克薩斯州的生產基地。

bally打電話給堪薩斯州衛(wèi)生部門，后者又聯(lián)系了剛剛測序完受污染冰淇淋樣品的fda。當他們將這些結果同cdc樣品進行比較時，又發(fā)現(xiàn)了一對匹配樣品。隨后，cdc研究了其他懸而未決的李斯特菌病例。通過測序仍在庫存中的樣品，他們確認了追溯到2010年的另外5個病例。

“這是我們沒有經歷過的事情，能研究這么久以前的病例。”jackson說，盡管目前需要很多工具追蹤疫情，但全基因組測序“讓結果完全不同”。